لاک‌پشت‌ها و شردر بار دیگر با هم می‌جنگند، این بار بر سر آخرین کپسول حاوی ماده سمی که لاک‌پشت‌ها را به وجود آورده است؛ ماده‌ای که شردر می‌خواهد از آن برای ساخت ارتشی از جهش‌یافته‌های جدید استفاده کند. در همین حال، اسپلینتر در آستانه گرفتن یک تصمیم بزرگ است.

"کازیمودو" ناقوس زن گوژپشت و بدشکل نوتردام باید برای کمک به دوست خود "اسمرالدا" در مقابل یک مامور دولتی شرور قرار بگیرد...

جی. آی. جو با دشمن جدیدی روبرو می‌شود؛ یک جامعه باستانی از انسان‌های مارنما به نام «کبرا-لا» که تلاش می‌کنند زمین را به زور از کسانی که قرن‌ها پیش آن‌ها را به زیر زمین رانده بودند، پس بگیرند.